Подскажите кто знающий! Если самому перепаять фазние провода на плате контролера, там ничего не вийдет из строя?

Если аккуратно,без повреждения дорожек и соседних элементов-никаких проблем.

А то что долго разогревать провод, просто там сверху на шину наложен провод 5 см, с транзисторами ничего не случиться?

У меня ничего не случалось с транзисторами. Чтобы долго не греть - нужен мощный паяльник. Я паял 60-Ваттным. Лучше мощнее. 2-3 секунды и провод отпаян. Это просто был провод припаянный к контролеру.
Тут как я понял провод входит на длину 5 см и пропаян полностью. Не уверен что так и есть-в контроллерах что я сталкивался (до 40А) он просто вставлен и припаян, а дорожки(шины) усилены независимо от провода. Если все так как Вы описали-то я бы откусил старый провод недалеко от выхода, оставив почти все усиление. Новый провод оголить на 2-2,5 см. и припаять к старому усилению .Транзисторы часто прикручены к переходной алюминиевой планке-она играет роль теплоотвода при пайке. Пропаивал силовые дорожки контроллеров, добавляя туда много олова. Соответственно грел долго - транзисторы выжили. Только следите чтобы они не отпаивались целиком, ноги по одной пропаивать. И лучше чередовать нагреваемые транзисторы, давать им секунд 10 остывать. И следите чтобы "соплей" из олова не понавешать.

Спасибо, буду пробувать